Et naturgenopretningsprojekt er gennemført på dele af Egåen fra Kasted Mose i vest til jernbaneoverskæringen ved Jelenge i øst.

I 1991 blev der gravet et nyt løb til Egåen ved Nymølle. Et løb som ledte åens vand udenom den 2,5 meter høje opstemning. Spærringerne ved Rødemølle og Gråmølle blev ligeledes fjernet, så fiskene nu frit kan vandre fra Egåens udløb i Århus Bugten og til dens udspring i Kasted Mose.

Enkelte steder har man udlagt nye gydebanker til ørreder  og en udsætningsplan for ørredeyngel skal genetablere en selvreproducerende bestand i Egåsystemet.

Plantning af træer og buske forskellige steder langs åen har skabt skyggefulde standplandser for ørreder, og træernes rødder holder på brinkerne. Særligt på strækningen mellem Randersvej og Jelenge kan man nu se velvoksne rødel langs Egåen - de blev alle plantet i slutningen af 1980’erne.

Sideløbende med fjernelsen af de tre spærringer er rensningen af spildevandet fra de små landsbysamfund langs Egåen effektiviseret.